《使命召唤6：现代战争2》的故事发生在《使命召唤4：现代战争》的五年之后，背景设定在动荡不安的俄罗斯。在这个时期，俄罗斯政治局势动荡，极端民主主义分子控制了国家，前作中的叛军头子扎卡耶夫被捧成了新的俄罗斯英雄。与此同时，恐怖主义者弗拉基米尔·马卡洛夫掌控了俄罗斯激进恐怖组织，世界再次陷入不安定之中。
为了应对严峻的国际形势，英国空降特勤队、美国中央情报局、美国海豹突击队等部门联合成立了141特战队。前作的主角“肥皂”晋升为上尉，并成为了141特战队的队长。这个特遣队由各国特种部队精英组成，肩负着打击恐怖主义和保护世界和平的重任。
在游戏中，玩家将控制三位主要角色：约瑟夫·艾伦、詹姆斯·拉米雷斯和一名在空间站里的宇航员。约瑟夫·艾伦是隶属于美国第75游骑兵团的士兵，因其表现优秀被招募加入141特战队，并成为美国中央情报局在马卡洛夫极端组织的卧底。
詹姆斯·拉米雷斯是艾伦的战友，同样在141特战队中担任重要角色。而空间站里的宇航员则是在执行任务时被困在太空的幸存者，他的存在为游戏增添了更多的紧张感和不确定性。
游戏开始时，玩家控制的是约瑟夫·艾伦，他在阿富汗执行任务。在一次行动中，艾伦的身份暴露，被马卡洛夫杀死。马卡洛夫利用这一事件，将责任推到美国身上，激起了俄罗斯民众的愤怒。随后，俄罗斯政府决定倾全国之力进攻美国。
141特战队在得知这一消息后，迅速展开行动。他们的第一个任务是前往俄罗斯寻找美军坠毁的卫星，找回ACS（敌我识别系统）。这个系统能够帮助美国掌握战略防御力量，对俄罗斯构成巨大威胁。
在寻找ACS的过程中，141特战队遭遇了重重困难。他们不仅要面对马卡洛夫恐怖组织的袭击，还要应对俄罗斯政府的阻挠。在一系列惊心动魄的任务中，特战队成员们逐渐成长为英勇的战士。
在游戏中，一个关键事件是“飞机场杀戮”。美国一名CIA探员为了打入卡马洛夫所在的恐怖组织，与卡马洛夫一起参与了机场杀戮。然而，这一行动实际上是一起策划的阴谋，美军中有人将消息泄露给了卡马洛夫。在最后逃亡时，卡马洛夫将CIA探员打死，故意留下了他的尸体，引发了俄罗斯民众对美国的愤怒。
这一事件使得俄罗斯政府决定进攻美国，141特战队面临着前所未有的压力。在一系列艰苦的战斗中，特战队成员们逐渐揭开了马卡洛夫的阴谋，并成功阻止了俄罗斯对美国的进攻。
《使命召唤6：现代战争2》以其紧张刺激的剧情、丰富的任务和精美的画面，为玩家带来了一场惊心动魄的冒险之旅。游戏不仅延续了前作的剧情，还加入了新的角色和故事线，使得整个故事更加丰富多彩。在这场全球反恐战争中，141特战队肩负着拯救世界的重任，他们的英勇事迹将永远留在玩家心中。
